Silnik mikrobiologiczny będzie pracował bardzo słabo, jeśli nie dostarczymy mu odpowiedniego paliwa. W przypadku bakterii i grzybów jest to materia organiczna, czyli resztki roślin, słoma, kompost, obornik, kwasy humusowe itd.
Słaby silnik przekłada się na sprawność całej maszyny. Złożone związki organiczne nie będą przekształcane w składniki pokarmowe dostępne dla roślin. Konieczne będzie dokarmianie roślin nawozem mineralnym. Mała różnorodność wśród robaczków to dobre środowisko dla rozwoju patogenów, rosną więc koszty ponoszone na środki ochrony roślin i opryski. Nieliczne mikroorganizmy wytwarzają małe ilości śluzów, co negatywnie wpływa na strukturę gleby (staje się bardziej zbita), dostępność powietrza, zaleganie wody na polu i brak jej zapasów na wypadek suszy. Dodatkowo słoma leży na polu kolejny miesiąc i nie chce się rozłożyć - trzeba będzie wspomóc się specjalnym preparatem bakteryjnym, by przyspieszyć proces dekompozycji.